Traveling Wilburys

Năm 1988, Harrison lập nên siêu ban nhạc Traveling Wilburys cùng Jeff Lynne, Roy Orbison, Bob Dylan và Tom Petty. Ban nhạc được thành lập tại garage nhà Dylan để cùng thu âm đĩa đơn cho Harrison[130]. Hãng thu âm của Harrison quyết định rằng ca khúc "Handle with Care" là quá tốt để làm mặt B và đề nghị cả nhóm thực hiện một album hoàn chỉnh. Bản LP có tên Traveling Wilburys Vol. 1 được phát hành vào tháng 10 năm 1988 và được ghi dưới tên những người anh em trong một gia đình – con trai của một nhân vật tưởng tượng có tên Charles Truscott Wilbury, Sr.[131] Harrison chọn cái tên "Nelson Wilbury" trong album này, về sau trong album thứ 2, ông sử dụng tên "Spike Wilbury"[132].

Sau khi Orbison đột ngột qua đời vào tháng 12 năm 1988, nhóm vẫn tiếp tục thu âm với 4 thành viên[gc 16]. Album thứ hai của họ được phát hành vào tháng 10 năm 1990 lại được mang tên là Traveling Wilburys Vol. 3. Theo Lynne, "Đó là ý tưởng của Harrison. Anh ấy bảo: "Hãy để cho mấy gã khờ trở nên rối loạn một chút.""[134]. Album đạt vị trí số 14 tại Anh, giành được chứng chỉ bạch kim và chứng nhận bán được hơn 3 triệu bản[135]. Tuy nhiên, siêu ban nhạc này chưa bao giờ đi trình diễn trực tiếp, và họ cũng tan rã sau khi phát hành album thứ 2[136].

Năm 1989, Harrison và Starr đều xuất hiện trong video ca khúc "I Won't Back Down" của Petty[137]. Starr được quay chơi trống, song lại không phải là người chơi trống trong ca khúc. Harrison chơi acoustic guitar và hát nền[138][gc 17]. Tháng 11 năm 1991, ông tham gia tour diễn tại Nhật Bản của Clapton[140]. Đó là tour diễn đầu tiên và cũng là cuối cùng của Harrison kể từ năm 1974[141][gc 18]. Ngày 6 tháng 4 năm 1992, ông trình diễn trong buổi hòa nhạc của Đảng Xanh tại Royal Albert Hall – buổi diễn đầu tiên của ông tại London sau lần trình diễn cuối cùng cùng The Beatles tại tầng mái vào năm 1969[143]. Tháng 10 cùng năm, ông tham gia chương trình tôn vinh Bob Dylan tại Madison Square Garden ở New York cùng Dylan, Clapton, McGuinn, Petty và Neil Young[144].

The Beatles Anthology

Năm 1994, Harrison hợp tác cùng 2 thành viên Beatles còn sống và nhà sản xuất của Traveling Wilburys – Jeff Lynne – thực hiện dự án The Beatles Anthology. Dự án bao gồm vài ca khúc dang dở được thâu băng bởi Lennon, cùng với đó là những đoạn dài phỏng vấn về sự nghiệp của ban nhạc[145]. "Free as a Bird" được phát hành vào tháng 12 năm 1995 là đĩa đơn đầu tiên của The Beatles kể từ năm 1970[146]. Tới tháng 3 năm 1996, họ cho phát hành đĩa đơn thứ 2, "Real Love". Harrison từ chối tham gia việc thu âm ca khúc thứ 3[147]. Sau này ông bình luận về dự án: "Tôi hi vọng có ai đó sẽ nghiên cứu mấy bản demo vứt đi của tôi sau khi tôi chết để biến chúng thành các bản hit."[148]

Sau dự án Anthology, Harrison hợp tác với Shankar trong Chants of India. Lần cuối cùng anh lên truyền hình là khi xuất hiện trên kênh VH1 vào tháng 5 năm 1997 để quảng bá cho album này[149]. Không lâu sau, ông được phát hiện căn bệnh ung thư phổi và bắt đầu được hóa trị, vốn lúc đó được cho là hiệu quả[150]. Tháng 1 năm 1998, Harrison tới dự lễ tang của Perkins ở Jackson, Tennessee, trình bày ca khúc nổi tiếng "Your True Love"[151]. Tới tháng 6, ông tham gia buổi lễ khánh thành khu tưởng niệm Linda McCartney, rồi chơi guitar trong 2 ca khúc của album Vertical Man của Starr[152].

Vụ ám sát hụt

Ngày 30 tháng 12 năm 1999, một kẻ tâm thần 36 tuổi có tên Michael Abram đã đột nhập vào nhà riêng của Harrison ở Friar Park và tấn công ông bằng một chiếc dao làm bếp, làm ông bị thủng phổi và chấn thương mạnh ở đầu trước khi Olivia Harrison kịp tiếp cận kẻ sát nhân và đánh lại hắn bằng một que cởi và chiếc đèn đốt[150][153]. Ngay sau khi bị tấn công, Harrison được đi cấp cứu tại bệnh viện với hơn 40 vết thương trên người. Ông sớm tỉnh táo sau khi gặp lại kẻ hành hung: "[Anh ta] không phải là một kẻ cướp, chắc chắn chỉ vì anh ta chưa từng nghe Traveling Wilburys."[154][gc 19]

Tháng 5 năm 2001, Harrison trải qua cuộc đại phẫu để loại bỏ khối u đang phát triển trong phổi[158]. Tới tháng 6, có thông tin cho rằng ông đang phải điều trị một khối u não tại một bệnh viện ở Thụy Sĩ[159]. Tại đây, Starr đã tới thăm ông song phải cắt ngắn chuyến đi để quay lại Los Angeles vì con gái cũng đang phải điều trị bệnh não. Harrison đùa: "Liệu anh có muốn tôi theo cùng không?"[160] Tháng 11, ông phải hóa trị tại Bệnh viện Đại học Đảo Staten ở New York sau khi có chẩn đoán rằng căn bệnh ung thư phổi đã di căn lên não[161]. Khi thông tin này được công bố rộng rãi, Harrison cho rằng bác sĩ riêng đã vi phạm quyền riêng tư và sau đó yêu cầu được nhận bồi thường[gc 20]. Ngày 12 tháng 11, 3 Beatle còn sống đã cùng nhau có bữa trưa cuối cùng tại khách sạn của Harrison ở New York[167].